Tư Mã Đam sinh năm 343, trong thời gian cai trị của cha Tấn Khang Đế, mẹ là Hoàng hậu Chử Toán Tử. Ông là người con trai duy nhất của vua cha. Năm 344, khi ông mới được một tuổi, Khang Đế bị bệnh nặng. Các thúc tổ bên phía bà ngoại của Tư Mã Đam và cũng là các đại thần chủ chốt Dữu Băng (庾冰) và Dữu Dực (庾翼), ủng hộ một người con trai của tằng tổ phụ của ông là Tấn Nguyên Đế, Hội Kê vương Tư Mã Dục lên ngôi song Khang Đế đã nghe theo lời vị đại thần khác là Hà Sung (何充), quyết định truyền ngôi cho Tư Mã Đam bất chấp việc ông còn quá nhỏ. Do vậy ông lập Tư Mã Đàm làm thái tử. Ông qua đời chưa đầy một tháng sau đó, Đam Thái tử kế vị ngai vàng và trở thành Mục Đế.